Sim. O sistema operacional informado em cada plano refere-se somente ao servidor de hospedagem do seu site, não tendo nenhuma relação com o seu computador pessoal. A única limitação se dá em relação à linguagem em que seu site for construído, por exemplo: se o seu site for construído em ASP, SQL ou utilize qualquer outra linguagem desenvolvida pela Microsoft, só funcionará em planos Windows; se tiver alguma linguagem específica para plataforma Linux, como Perl, por exemplo, só funcionará em planos Linux; sites em HTML, JavaScript, PHP, que utilizem ou não Flash, poderão utilizar qualquer plano de hospedagem.